torchref.cli package

Command-line interface for torchref.

Submodules

• torchref.cli.add_metadata module
  • main()
• torchref.cli.collection_difference_refine module
  • Output
  • setup_model_collection()
  • setup_dataset_collection()
  • setup_scaler()
  • compute_rfactors()
  • setup_loss_state()
  • compute_bayes_extrapolated_amplitudes()
  • write_results_mtz()
  • optimize_lbfgs()
  • main()
• torchref.cli.mtz2map module
  • main()
• torchref.cli.phased_difference_map module
  • main()
• torchref.cli.refine module
  • main()
• torchref.cli.strip_altlocs module
  • Usage
  • strip_altlocs()
  • main()
• torchref.cli.validate_ded module
  • build_atom_mask()
  • compute_correlation()
  • compute_map_from_coefficients()
  • generate_plots()
  • setup_ded_context()
  • compute_ded_maps()
  • run_validation()
  • main()